按不同的分類條件將堆肥分為如下5類：
1、按微生物對氧的需求分為好氧堆肥和厭氧堆肥。好氧堆肥是依靠專性和兼性好氧微生物的作用使有機物降解的生化過程，其分解速度快，周期短。厭氧堆肥是依靠專性和兼性厭氧微生物的作用使有機物降解的過程，其分解速度慢，發酵周期長。目前采用的大多是好氧堆肥。
2、按溫度要求劃分為中溫堆肥和高溫堆肥。中溫堆肥發酵溫度為14~45°, 不能達到無害化目的，目前很少釆用該方法。高溫堆肥發酵溫度為50?65°C，最高可達80?90C，是目前釆用最多的發酵方法。
3、按堆肥過程中物料運動形式分為靜態堆肥和動態堆肥。靜態堆肥堆體建成后不進行翻倒，直到堆肥腐熟后運出。動態堆肥釆用連續或間歇進料或出料動態機械堆肥方式，發酵效率高。
4、按堆肥堆制方式分為條垛式堆肥和槽式堆肥。條垛式堆肥是物料在開放式場地堆成條垛進行發酵，釆用履帶式機械翻拋機翻堆。槽式堆肥是物料裝進固定的池子內封閉，用頂部軌道式翻拋機翻堆。
5、按發酵歷程分為一次發酵和二次發酵。一次發酵是從發酵開始，經中溫期、高溫期然后到降溫期。二次發酵是經過一次發酵后，堆肥物料中的大部分易降解的有機物質已經被微生物降解，但還有一部分易降解和大量難降解的有機物存在，需將其進-步發酵，使之變成腐植酸、氨基酸等比較穩定的有機物達到腐熟。
