有機物料發酵過程中，氧氣供應充足可以加速有機質分解，縮短發酵時間，加速發酵初期溫度的上升速率，減少惡臭氣體的產生。
有機物的好氧發酵是個十分復雜的生化反應過程，不同階段通風的作用是不同，發酵初期通風主要是提供氧氣，中期主要是供氧和散熱，后期主要是降低有機肥含水率。
因此，通風供氧不足，抑制微生物生長和溫度上升；但通風量過大，會導致熱量損失過多，導致溫度上升困難和水分不足。一般情況下，通風方式要求氧氣濃度在5%-15%作為堆肥過程控制目標。
通風方式主要有單一機械翻堆、強制通風與機械翻堆相結合和單一強制通風。研究表明，強制通風和機械翻堆機結合的方式為最佳的通風方式，它可以加快堆肥溫度升高，促進微生物的分解轉化，從而加快堆肥的腐熟。
因此，生產有機肥時，可以在堆肥條剁中心開設寬度為20cm、深度為10cm的通風槽，通風量為0.3m³/min，并且按期使用翻拋機進行翻堆。
