有機肥是農業生態系統中物質循環的重要環節， 農作物通過光合作用將太陽能轉化為生物化學能，形成農作物的有機體，除人、畜能直接利用的一小部分外，其余大部分又以秸稈和人、畜糞便形式回到物質大循環系統中，進而轉化為新作物有機體。有機肥通過這種周而復始的循環轉化，對增加作物營養和提高土壤肥力發揮了不可替代的重要作用。
在 2002 年國家出臺了有機肥料的標準，標準適用于以畜禽糞便、動植物殘體等富含有機質的副產品資源為主要原料，經發酵腐熟后支撐的有機肥料。此標準不適合綠肥、農家肥和其他農民自己制造的有機糞肥。因此，可以將廣泛的有機肥概念分成農家肥和商品有機肥。 而我們在下文中重點討論的是商品有機肥。我國使用農家肥已經是傳統，但是農家肥在使用過程中存在較大的問題。其中最大的問題就是積制方式的落后，具體說來就是養分含量較低，體積大；勞動率低，勞動強度大；人畜糞等的無害化程度低，病菌傳播、污染大，就是大家通常所說的“三低三大”問題。
中國從上世紀 30 年代開始進行商品有機肥的研究， 1988 年受到國家國務院的重視， 1991 年開始工業化生產，商品有機肥才出現在市場上。發酵方式由最初的高溫發酵逐漸向微生物發酵轉變。
傳統的農業在使用大量化肥之后，會造成土壤肥力下降，農產品品質退化。近年來，世界多個國家和政府開始倡導減少化肥的使用，多使用綠色肥料，興起了肥料的“綠色革命” 和“生態產業”。
