2006年以后，生物技術類的專業(yè)人才才開始多起來（植保、環(huán)境等相關專業(yè)對發(fā)酵這一塊不深入或不涉及），但從事固體發(fā)酵這一塊的卻很少，目前很多所從事有機肥的老板和生產技術人員大多是從化肥行業(yè)轉過來的，缺乏生物方面或（和）種植方面的系統(tǒng)專業(yè)知識。由于沒有相關專業(yè)的技術人員，企業(yè)在生產過程中力不從心，生產過程大多是企業(yè)間相互參照做法或受賣菌種、賣設備的不良引導，結果都是難以做出好肥。
有機肥的使用出現(xiàn)效果不佳的原因很多，在此分兩大類（不包括病害這一類），第一類是企業(yè)生產控制方面的原因，第二類是使用方面原因，我們主要結合參考無土栽培技術來論述．
第一類：企業(yè)生產控制方面的原因里面涉及到質量控制，在這里重點討論養(yǎng)分、pH、氯離子含量、含鹽量、陽離子交換量、腐植酸、小分子脂肪酸、重金屬、有害微生物等因素，這些內容有很多并不出現(xiàn)在有機肥料行業(yè)標準里面，但卻不得不注意。
1. 養(yǎng)分。由于原材料本身養(yǎng)分低或發(fā)酵生產工藝原因，有些企業(yè)的有機肥發(fā)酵出來，其養(yǎng)分并不合格，加上有些廠連化驗室都沒有，一批產品就這樣邁向了市場。有些企業(yè)檢測發(fā)現(xiàn)養(yǎng)分不夠，但也舍不得添加化肥補充，也使這些產品邁上了市場。無肥料登記證的企業(yè)所生產出來的產品，并不在市場上流通，一般是直接面向用戶，這一塊特別難以監(jiān)管。
2. pH。原材料本身pH就各有不同，在發(fā)酵過程中，pH變化也較大，如果發(fā)酵過程控制不好，有可能發(fā)酵出來會發(fā)現(xiàn)pH在8.5以上，或5.5以下。特別是過酸的產品會導致農作物生長受阻或死亡，而過堿的有機肥料，由于南方土壤普遍偏酸，危害反而不大。
3. 氯離子含量。一般沒有人會去檢測氯離子含量，但有些原料卻含有不少的氯離子，特別是在嚴重忌氯的作物上使用時，會出現(xiàn)嚴重問題。也有些廠家使用氯化銨這一類含氯化肥加入到有機肥中，以提高總養(yǎng)分中的氮，這也是導致氯離子含量增高，影響農作物的生長。
4. 含鹽量。肥料鹽份高，就好像把一包食鹽灑到有限的地里，作物很受影響。一般來說，生活污泥、廚余垃圾等原料的鹽份較高，不耐鹽的作物會出現(xiàn)黃葉、掉葉、萎蔫、死亡等現(xiàn)象。聶永豐認為，當堆肥EC值小于9.0ms/cm3時，對種子發(fā)芽沒有抑制作用。
5. 陽離子交換量。一般腐熟的有機肥，其陽離子交換量大，保肥肥力[2]，緩沖能力強，對pH、鹽份有很好的緩沖作用，對于維持土壤的良好狀況有著很重要的作用。而沒有腐熟的有機肥甚至是曬干就賣的糞便，其陽離子交換量極低，起不到應有的緩沖效果，相反，還會危害土壤本身的緩沖效果，造成作物生長障礙。
6. 腐植酸。新鮮原料幾乎不含有腐植酸，腐植酸是在有機肥發(fā)酵生產過程中不斷產生的，以高溫發(fā)酵（大于50℃）尤為明顯。腐植酸與銨、鉀、鈉結合，具有刺激作物生長的功能，也具有易吸引的效果，也可提高作物抗逆性，促產，促萌發(fā)，腐植酸更可因為其交換能力而增強土壤緩沖能力。
7. 小分子脂肪酸。Ciavatta，等認為認為低級脂肪酸對種子發(fā)芽和植物生長有不良影響。小分子脂肪酸易招引蒼蠅，這比較容易觀察出來，一般來說，小分子脂肪酸存在于未腐熟的物料中，如新鮮雞糞等。其所帶來的危害是：小分子脂肪酸會抑制種子萌發(fā)，會抑制根系生長。
8. 重金屬。重金屬會在植物中積累，最終通過食物鏈集中到人身上，對人造成傷害。同時重金屬也會對農作物的生長造成損害。由于設備昂貴，大部分企業(yè)是沒有設備對重金屬進行檢測的，農資市場到現(xiàn)在才多見執(zhí)法部門對重金屬進行檢測。
9. 有害微生物。堆肥溫度在50℃以上的時間不少于5天，可以殺死病原菌及蟲卵，達到無害化。但實際上很多廠家有機肥生產過程中，由于工藝水平原因，未能達50℃以上或達到了卻時間維持過短，大部分蛔蟲卵、大腸菌群等未能大部分殺滅，這就影響了作物健康生長。
第二類：有機肥使用效果不佳，與肥料銷售員的推廣誤導有關，也與用戶自身知識和習慣使用有關。優(yōu)質的土壤要能為植物生長提供穩(wěn)定、協(xié)調的水、肥、氣、熱根際環(huán)境條件，具有支持錨定植物、保持水分和透氣的作用，還具有緩沖作用，使根際環(huán)境保持相對穩(wěn)定。優(yōu)良的土壤在物理性質上，固、液、氣三相比例恰當，容重、總孔隙度、大小孔隙比都要較為適宜；化學性質上，陽離子交換量大，基質保肥性好，pH值接近中性， 并具有一定的緩沖能力， 具一定的C/N比以維持栽培過程中基質的生物穩(wěn)定性。我們所生產出來的有機肥正是要向著這個目標去改良土壤。
第二類原因可以簡單歸為一句：使用方法不對。這里簡單介紹幾個不對的使用方法。
1. 追肥。用戶把有機肥當化肥來追肥，沒能及時蓋土，肥料只在土壤表面，不能與土壤充分進行接觸，不能起到改良土壤的效果，加上日曬雨淋，有益的微生物不能起作用，養(yǎng)分也會隨水流失，有機肥的緩沖能力、蔬松土壤、持水透氣、保溫保肥等等的功能也都體現(xiàn)不出來。
有機肥應當作為基肥使用，最好與土壤進行混合，但起碼也要做到不裸露在土壤表面，如溝施，但目前不少地方存在著企業(yè)或（和）業(yè)務員聯(lián)合誤導農民，目的是為提高農民對肥料的使用量。
2. 有機肥與作物直接接觸。有些種植戶擔心肥效不夠，或想盡快見效，把種子直接種在了有機肥料上面，或把有機肥與作物直接接觸，這樣的后果是種子出苗后會爛根死亡，作物萎蔫甚至死亡。
3. 新鮮糞便直接使用。施用新鮮糞便就好像廠家賣用戶未腐熟有機肥一樣，但出的問題更加嚴重。
結語：總之，我們呼吁肥料生產單位要加強自身素養(yǎng)，做出優(yōu)于國家標準的肥料，主動完善各方面實際上的不足，而不是產品滿足國家標準即可。同時，經銷商、廠家要合理引導種植戶向正確方面邁進，而不是通過引導種植戶走向誤區(qū)來促進肥料的銷售。
